科学意义上，能源本身并没有清洁与不清洁之分，只有在生产方式上有是否清洁之分。譬如电能应是最清洁、最方便的能源，但是在生产过程中可以排放污染，也可以不排放污染。在现实中，人们往往还是习惯把在能源加工或转化为电能的过程中不产生或少产生有害物质的水能、风能、太阳能等可再生能源以及不排放二氧化碳的核能、低碳的天然气称为清洁能源。而是把煤炭、石油等能源称为不清洁的能源或者是肮脏能源。
从这个意义上讲，能源的清洁利用就是指通过技术手段和管理手段对能源在全生命周期内实施清洁化、经济性利用的过程。如对煤炭，采用洗选加工、燃煤发电、烟气净化等方式，提高能源利用效率，减少污染物和温室气体排放。
改革开放以来，中国在发展清洁能源及能源清洁利用方面均取得了巨大成就，在取得巨大成效的同时，我们也看到，人们对清洁能源和能源清洁利用仍存在认识上的模糊与误解，导致了实践中的发展偏差和问题，如近年来可再生能源无序发展、成本居高不下、市场无法消纳和影响电网安全稳定等问题；如为应对雾霾则出台世界最严的火电厂排放标准，甚至燃煤供热电厂煤改气等，而同时大量居民散烧、无组织排放源、机动车尾气未有效控制，造成环境、经济、社会综合效益低。
利用清洁能源与能源清洁利用的本质问题，是处理好能源、经济、环境之间的关系，这也是完成好能源转型，实现能源可持续发展的重中之重。
应加强能源系统优化。首先，既要充分认识到清洁能源替代化石燃料是能源发展必然趋势，也要充分认识到能源替代是一个历史过程，不能一蹴而就。风电、太阳能发电既要继续加快发展，更要规范有序发展，并加强与电网的协调，配套支撑性电源和贮能工程。
其次，更要高度重视能源的清洁利用，尤其是要解决雾霾问题，必须特别重视煤炭的清洁利用。要继续坚持以“煤炭为基础，电力为核心”的发展战略及产业循环经济发展模式，在有条件的地方，鼓励煤电一体化发展，提高配煤能力，促进区域或产业循环经济发展。要加强科技进步提高能源效率和污染控制技术水平。要加大提高煤炭转化为电力的比重，使目前50％的比例，提高到75％左右。
同时，绿色煤电将成为大范围优化配置能源、支撑清洁能源和循环经济发展的基础。我国雾霾污染，大量煤炭散烧和机动车尾气是主要原因，要加大以电代煤、以电代油的力度。在能源清洁利用的过程中，用天然气替代煤炭是关键措施之一，但因为天然气对我国来说是非常稀缺的能源，即使加大从国外的进口也难解燃眉之急，面对巨大的缺口要认真做好系统规划和各种条件的落实，并优化燃气使用。天然气的首要使命是替代民用及工业燃煤，其次是通过电力用气以稳定燃气负荷提高民用的经济性，再次是用于发电调峰，最后才是用于发电，不宜采用以天然气替代清洁煤电尤其是供热煤电的措施。
再次，不论是利用清洁能源和能源的清洁利用，都需要加强能源与电力生产者各个环节的互动以及能源生产者与需求者的互动，智能电网将是完成这一使命，实现能源转型的重要的基础和支撑。要加强智能电网的规划和建设，使发展清洁能源、能源的清洁利用以及智能电网建设，同步规划、同步实施、同步获得效益。